Maria Schuppert studierte Medizin in Würzburg, Hannover und San Francisco. Sowohl ihre Schulzeit als auch das Studium waren von intensiven musikalischen Aktivitäten begleitet, insbesondere mit den Instrumenten Blockflöte und Viola.
Seit 1993 befasst sie sich in Lehre, Beratung und Forschung mit den physiologischen und psychologischen Grundlagen des Musizierens und des musikalischen Lernens. Ihr Schwerpunkt ist die Prävention, Diagnostik und Therapie musikerspezifischer Belastungen und Erkrankungen.
Von 1993 – 1999 war sie ärztlich-wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Musikphysiologie und Musiker-Medizin der Hochschule für Musik, Theater und Medien Hannover mit Forschungen zur Biomechanik der Musikerhand sowie zur zentralnervösen Musikverarbeitung, von 2002 - 2008 Dozentin für Musikphysiologie und Stimmphysiologie am Institut für Musik der Hochschule Osnabrück, von 2001 – 09/2014 Dozentin für Musikphysiologie und Musikermedizin an der Hochschule für Musik Detmold sowie von 2009 - 2014 Professorin und Leiterin des Zentrums für Musikergesundheit dieser Hochschule.
Vom 1.10.2014 – 30.09.2023 leitete Maria Schuppert als Prof.in für Musikphysiologie/Musikermedizin den Bereich „Musik & Gesundheit“ der Hochschule für Musik Würzburg. Sie ist weiterhin Gastdozentin für Musikphysiologie/Musikergesundheit an verschiedenen Hochschulen und Universitäten und übt Vortragstätigkeiten in Musikschulen, Orchestern, Berufsverbänden sowie im Rahmen ärztlicher Fortbildungen aus. Maria Schuppert ist Mitherausgeberin der Fachzeitschrift „Musikphysiologie und Musikermedizin“ und hat zahlreiche musikphysiologische und musikermedizinische Fachartikel und Buchbeiträge publiziert. Sie ist Gründungsmitglied der „Deutschen Gesellschaft für Musikphysiologie und Musikermedizin“ (DGfMM). Von 2005 – 2011 war sie Vizepräsidentin und von 2011 – 2017 Präsidentin dieser Fachgesellschaft. Sie hatte die wissenschaftliche Leitung mehrerer Jahresveranstaltungen der DGfMM und weiterer musikermedizinischer Tagungen.